Для тех кому это может пригодиться:
Аппаратные USB-ключи 1С можно пробросить в виртуальные машины на ESXi 4.1. Всерьез подозреваю, что тоже самое возможно и в коммерческом ESX.
Нужно вставить ключ и добавить виртуальной системе USB устройство, выбрать вставленный ключ в диалоговом окне и отметить опцию vMotion. Ключи автоматически подтягиваются после перезагрузки, главное не передергивать их между портами.